SkyEurope

　SkyEuropeでBrussels-Pragueの便があることが検索できたのなら、その同じサイト(http://www.skyeurope.com/en/　)で予約できます。日程がfixされているなら、日付を選んで空席照会・購入に進みます。日程がある程度自由になるなら、low fair calendarをチェックして次に進めば、安い日の便が選べます。
　購入のプロセスは日本の航空会社、というか世界のどの航空会社ともほぼ共通です(Last-Minute保険のオプションはLCC独特ですが)。頑張ってトライしてみて下さい。

　夜行列車については、ベルギー国鉄のサイトから検索可能です。英語なら上段、ベルギー公用語(仏・蘭・独)のどれかができるなら下段のリンク先から入ります。
http://www.b-rail.be/main/E/
http://www.b-rail.be/main/index.html
　　但し、Brussels-Pragueのticket onlineの購入はできません。どの接続でも必ずベルギー国外で乗換(Köln等で)があるためではないかと思われます。
　ドイツの乗継地点(Köln, Frankfurt am Main...)までベルギー国鉄サイトで買って、そこから先をドイツ鉄道サイト(bahn.de)で購入するということも考えられます。(分けて買うと、ノーマル運賃同士なら若干高くなるかも知れませんが、ドイツ発プラハまでの特別な割引チケットを組合わせればノーマルを通しで買うより安くつくでしょう。)

　楽しいご旅行を。