バス+タクシー

3月に仕事でフランクフルト～ミラノに行きました。
マルペンサから市内までは間違いなく空港バスがいいと思います。
空港のゲートを出てからバス乗り場まですぐですし、値段も6～7ユーロとお手頃です。
バス乗り場の係員からチケットを買えば、後は荷物を預けてバスに乗り込むだけでミラノ中央駅に着きますのでとても楽だと思います。
ミラノ中央駅のバスロータリーでバスを降りたら、同じロータリーにタクシープールがありますので、タクシーでホテルまで移動すれば良いかと思います。
私は一人旅(仕事)でしたので、一人であっちこっち移動しましたが、街も地下鉄も特に危険とは感じませんでしたが(中央駅からモンテナポレオーネ通りまで歩いたりしました。)、地下鉄の切符の買い方がちょっと解り辛いので、ホテルまではタクシーで行くのが無難だと思います。