今は航空会社サイトで買う方が安い場合が多い

エアラインで直接買えないのが、所謂格安航空券。それ以外はエアライン
から直接買ったほうが安い”場合”が多い。

通常オンライン購入は予約と同時に発券で、予約クラスにも依りますが、
大抵はキャンセル不可、変更不可。これらができても、その額は大きい。
当然のことながら、自由度の高い航空券は高くなります。

キャンセル料が不要というのは、まだ発券していないからだけのはずで、
発券すれば同じ条件になるでしょう。今は、ぎりぎりまで販売手数料を
落とすか、中には(主流になりつつある)ゼロ化したところもあるので、
代理店はエアラインの出す料金よりも安くするのが困難になっています。
中には上乗せに迫られているものもある。ですから、価格的にも大差な
いか、オンライン価格が一番安いことになったりするのです。

最近は、オンライン予約も使い勝手が良くなりましたが、それでも手動
のほうが守備範囲が広いのも事実。そのあたりで若干の違いが出ること
もあるかも知れません(ケースバイケース)。特に発券後の変更など
は、オンラインでは難しい場合が多いでしょう。また仰せの通り、
WEBでは相談や助言は得られません。例えば、目的地に行くのには他の
都市を経由するほうが良いとか、時間待ちが長すぎる、短すぎるとか、
帰国時が早朝になっても良いのかなどなど。代理店と良い関係を築けば、
金では得られないものが得られることもある(中小の代理店はそれで勝負
するしかない)。良く、「この時間で繋げますか?」とか、「初めての
乗り継ぎで勝手が全くわかりません、。どのようにすれば良いのかお教え
ください。」という質問をしてくるかたが居ますが、これらも本来は購入
した代理店に聞けば教えてくれるはず。それがなくて価格も高ければ、そ
れこそ買う理由もないはず。知り合いならば、少しは協力してやろう(儲け
さす)という気持ちになるとか。

予約クラスが異なれば、基本的にはどちらで購入しても同じです。
予約と発券とが異なるために、予約待ちとか複数の日または便の予約
(こちらは特別な場合に限られる)など、WEBではできないこともある
ことはありますが。