ウィーン→クラクフも調べられます

先にご紹介したDBのサイトで、時刻表検索できますよ。
(ドイツ国外の列車についても調べられるので)

訂正します

ECが1日2本かと。

すいません、2冊あるクックのうち路線地図の景勝区間を赤で印した06年のを見ちゃったようです。現地で酷使したのでどちらも表紙が取れてボロボロです。今はベネチア発が8時台と遅くなり、同日接続はできないようです。
青春18きっぷ的同日乗り継ぎ(0～24時基準)はできるようですが。

東欧の夜行が心配なら、ウイーンまで寝台、朝のECでクラクフがいいかと。
時間があれば、両方昼のECで、ウイーン1泊がいいかと。乗車時間は合計14時間台で変わりません。