いまさらながら失礼します

私でしたらSFOに到着
レンタカーです
サウスサンフランシスコのトラベロッジ
駐車料金も無料ですし
いつくるかわからないホテルのシャトルや
公共交通機関の時間に振り回されることもありません
SFOから101でダウンタウンまで走りフィッシャーマンズワーフ冷やかし
ゴールデンゲート
北側のシーニックポイントから夜景を見て!
というのが一番効率的です

ちなみにホテルシャトルは4ホテルくらいが共同運航しているのが主流のようで、目的のホテルに直行してくれるわけではないので予想以上に時間がとられます。
レンタカーは24時間料金ですが保険もフルカバーせず必要な保険のみに抑えれば安上がりです

ダウンタウンのホテルは高いだけで施設も陳腐化しておりお勧めはできません。
なんらかのご参考になれば・・・

いってらっしゃい