「シャトルバスとの組み合わせ」は関係ありません。

なるほど、たしかにTGVの料金が同じアヴィニョン-パリ間でも大きく異なっていますね。

シャトルバスの件はちょっと置いておいて、TGVの料金になぜ大きな差があるのか私も興味があったので、以下のように並べて比較してみました。

AVIGNON TGV 駅 発
6h40 62euros (TOULON 始発)
8h05 51euros (MARSEILLE 始発)
9h32　81euros (NICE 始発)
10h05 66euros (MARSEILLE 始発)
12h38　86euros (NICE 始発)
(料金はいずれも通常料金。8月後半の適当な日を選んで検索しました。)

これを見ると、マルセイユ、トゥーロン始発のTGV料金が比較的割安なのに対し、遠方のニース方面から来るTGVの料金が高くなっていることが分かります。

このことから、旅客がたくさん乗り込む長距離のTGVに対し、比較的空いている短距離のTGVの料金を安く設定して、旅客を上手く分散させようとする目的があることが考えられます。

逆方向のパリ発のTGV地中海線の料金を検索したところ、アヴィニョンTGVで下車する場合は、やはりマルセイユ止まりのTGVでは安く、ニース行きのTGVでは高く料金が設定されています。
シャトルバスとの組み合わせ云々は関係ありません。

ところで、AVIGNON CENTRE-AVIGNON TGVのシャトルバスの料金は、バスの運転手から直接チケットを購入する場合は1.10eurosなのに、SNCFのサイトで検索すると2.50eurosとでましたが、なにゆえこのような差異が生じるのかは分かりません。

ちなみに、AVIGNON CENTREにおけるシャトルバスの乗り場は、城門の内側(郵便局前)になります。(「GARE TGV」の電光表示のバスです。)