国内線の場合は

インドネシア国内線の場合は、早く購入したからといって料金が安くなるようなことはあまりありません。(プロモーション期間としてその期間に買って決められた期間内に飛ぶと安くなるとか、いくつかの条件を満たすと適用される「プロモーション」をやっていることもありますが)

それより、席がとれないことのほうが問題です。現地でチケット手配をすると仮定するのであれば、何日くらい前に購入する予定ですか?

あと、日にちによっては、インドネシア国内で旅行シーズンになることもあります。そういう日程にあたっているような場合には、事前に押さえていったほうがよいかと思います。(ここで日にちが特定されていないのでいつ旅行されるのかわかりませんが)

ジョグジャカルタからロンボクへは、直行便の存在は自分は知りません。バリ経由、スラバヤ経由(WINGS AIRなどはスラバヤ→マタラムまで直行便あります)、ジャカルタ経由などの方法がありますが、要は乗り換えで待つ時間によって全体でかかるトータルの時間が変わってきます。

以下、いくつかちょっと調べてみましたので参考程度に。

1例にすぎませんが、8月のWINGS AIRのタイムテーブルと料金(毎日飛んでいるかわかりませんが)。
JOG 6:00→SUB 6:50 / 466364RP+tax
SUB 10:10→AMI 12:05 / 475455RP+tax

ガルーダは、普通は航空券は高いですが、スペシャルエコノミープロモというものであると安いです。これが一体どういうものなのかはよく知りません。JOG→DPSは1日3便飛んでいるようでスペシャルエコノミープロモだと313000RP+tax。DPS→AMIに関してはメルパチやINTなどが頻繁に飛んでいます。DPS→AMIの多さを考えるとやっぱり1番良さそうなのはバリ経由かな・・・という感じです。