チェコからの国境駅

>ドイツ国内は、ジャーマンレイルパスを使うので、どこまで切符を購入すればいいのか分かりません。

チェコ分は別途切符を買うということですね。でしたら予め調べる必要はないでしょう。チェコの駅窓口でレイルパスを見せて行く先を告げ切符がほしいと言えばパスが効かない区間の切符を売ってくれます。

パスにまだスタンプが押されていなければ、同じくチェコの駅でスタンプを頼んでください。チェコにはまだ行ったことがないので確約できませんが、多分押してもらえるでしょう(アムステルダム、ウィーンでは押してもらえました)。