南は不便ですよ

陸路は確かに日中にお答えになった方々の通りで、もう少し早く着きます。
朝が早いのは同じですが。

空路ですが、そもそもBARI-PISAなんて路線あったかな?と思いました。
確かに出ますが、それはローマとかの経由便です。
BRI-FCOは他社を含め頻繁に出ています。ローマの空港だとテルミニに出る
のが面倒なので、ここはローマを避け、近いボローニャかジェノバに飛べ
ば良いのではないでしょうか。バーリの空港サイトが相変わらず古い(イタ
リアは動画などで滅茶苦茶重いくせに、中身はこの程度のことが多い)
ので、今は就航していないBlu-express.comなども出ていますが。
APも3月までは朝の便があったのに、今は夕方だけです。
ちなみにAP=LHでして、ルフトハンザの子会社(正確には提携かな?)
で、LHと書いてあっても実際はAPです。

Myair.comならばジェノバに、
MyLow Adulto 29.99 EUR
Volo 8I-6820
10:20 Partenza Bari (BRI) 11:45 Arrivo Genova (GOA)
があり、ジェノバからピサまではICplusで二時間。15時頃に着きます。
ミラノ(リナーテ)ならば選択肢が増えますが陸路4時間なので無駄)。

やはりローマまで飛んで、陸路移動。
AP 4113
Partenza 10:15 Arrivo 11:15
ならば、
12:30 ROMA TE 15:31 PISA C.は無理でしょうが。
12:50 ROMA TE 16:06 PISA C. PI S.R.なら大丈夫でしょう。
13:30 ROMA TE 16:31 PISA C.ならば余裕でしょう。

とここまで書きましたが、自分でやるかと言われるとNonです。
あのいつ来るかわからない、時には時間前に出てしまう私鉄、
空港から高いだけのレオナルドダビンチ。さらにフィレンツェ乗り換え。
疲れます。やるとすればMyair.comでしょう。
駅まで20分だし、面白いとは思います。バーリもその程度です。

でも素直に陸路でしょうね。

ただし、折角のアルベロベッロです。朝早く出るのならば、夜遅く出るのも
同じ(宿泊が目的でそれを前倒できないのであれば仕方ないが、そうでなけ
れば、半日いや数時間の滞在でも十分です)。これを含め計画を練り直すこ
とはできませんか。ホテルの手配がピサだけならばの話しです。でも、
素直に読めば全て手配済みですよね。とは言うものの日程変更は結構可能
ですよ。

治安に関しては、とくにアルベロベッロの駅は、JRに見捨てられ第三セク
ターとなった田舎の無人駅を想像してください。朝が早いと、ひとけのない
怖さがあるかも知れません。タクシーなんか走っていませんし。

今さらですが、少し南を甘く見たようです。ローマ以北と以南とでは
大違い。移動が特に大変。タクシーもないし、公共バスもない。
それが逆に日本人観光客を遠ざけていて、アルベロベッロとマテーラ以外
は日本人はほとんど行かず、まだ荒らされて?いないようです。