オーストリア、スロヴェニアを縦断が効率的です。

ウィーン1、プラハ2、チェスキークルムロフ1、リンツ、ザルツブルク、フィラッハ、ブレッド湖1、リエカ1、ザダール、シベニク1、トロギール、ドブロブニク2、モスタル、サラエボ1、スプリット1、プリトビツエ1、ザグレブ1、(ウイーン1)が順路かと。
2週間前後なら楽勝です。数字は泊数、数字なしは経由地です。

列車中心、ない所のみバスが効率的です。
チェスキー、サラエボはコース途中なのでお勧めです。

ブレッド湖は途中での宿泊地です。フィラッハ泊でもいいかと。
橋のみ?のモスタルより、もう少し足を延ばした小イスタンブールのサラエボの方がすばらしいです。

リエカからドブロまでの欧州一美しい断崖絶壁の海岸がハイライトなのです。
宿は4国ともYH(ユースホステル)が最も安く、清潔でお勧めです。
http://www.jyh.or.jp/ で検索、オンライン予約できます。