窓口は・・・

やはり混むと思います。3時間ということはないと思いますけど。

もうパスを購入することは決定なのですか?(それともパス付きのツアー?)
これからパスを購入するのであれば、止めた方がいいと思いますよ。
ローマ～ミラノ～ヴェネツィア程度の移動では、元は取れません。

自動発券機でその都度購入する方が、ずっと簡単で時間がかかりません。
乗る列車が決まっているのでしたら、インターネット購入という手もあります。

夏は、バカンスで移動するイタリア人も多く、
イタリア人は基本的に窓口でああだこうだと長く話す人が多いですから、
並んでいる人数から想像する以上に時間がかかります。