日本から通しの航空券を購入すればよいと思いますが

すでに日本からフランクフルトへの往復航空券を発券済みでしょうか。
そうでなければウィーンinフランクフルト(or他都市)outのチケットを買えばいいだけの話ですが。
FRA-VIE間はLH(OS)便が多数飛んでいますので日本発のどの航空会社でも少しの追加料金でつなげます。
特典航空券とか何か事情があってFRAまでしか飛べないのであれば、詳しい旅程を記すべきでしょう。
レイルパスの利用についても詳しい旅程がなければ利用の適否は判断しかねると思います。
なお、格安航空会社はFRAではなく近郊の別の空港からも出ています。

掲示板のレスポンスが極端に悪く、レスがつきにくいと思いましたので不完全ながら回答させていただきました。