勝手な意見ですが・・

ドイツは昔ですが5回ほど個人旅行で行っています。
ドイツ1回目の1番最初の都市をケルンから始めたので(そのときはアムステルダムから入りましたが)、懐かしく思います。

①は、多少忙しいでしょうが、忙しすぎるレベルではないと思います。
コブレンツあたりで降りて列車でケルンへ行く感じですかね?
船はのんびりしているし、そのあとの列車移動も別に苦ではないでしょう。あらかじめフランフルトに戻るのは夜でいいや!っていう感じでいけば、あらかじめ電車のタイムテーブルなどを余裕をもって組めば、それほど慌しくなく時間を使えるでしょう。しかし本当の意味でゆったりするならどこかで1泊してしまうことです。自分はライン川沿いのバッハラハという町に泊まったことがありますが、非常にゆったりできました。

それより、日程をみると都市ばかりに泊まられるようで、例外はローテンブルグでしょうが、どこかで田舎町への宿泊ももう少し組み入れるとリラックスできますよ。都市→都市→田舎→田舎→都市のように組むと、両方の魅力が引き立ちますが、都市→都市→都市→都市だと、少し疲れます。まあ、スケジュールが限られていると思いますので、勝手な意見だと思って聞き流してください(笑)

②を、ザルツブルグへ日帰りせずに、ザルツブルグに1泊して、次の日にウィーン泊、そして次の日にプラハと、全部列車で移動する手もありますよ。自分は実際そのルートを列車で移動しましたが、なかなか楽しかったです。

以上、いろいろ、勝手な提案でした(笑)