ケルン泊を勧めます

建て前は、前泊はフランクフルトですが、自分自身、実践してはいません。

ベルリンからケルンが4時間20分、フランクフトが10分早い程度。
ケルンからフランクフルト空港は一時間。全く問題なく繋げます。ベルリンからでも
可能です。ただし、最悪の事態に備えられるように。今日の首都圏が良い例。

最終日はケルンで良いのでは。私はケルンのほうが好きです。本当の都会ですし。

せっかく、東に行くのならばプラハを長くするとかはどうでしょうか。
ドレスデンは評価が分かれる街です。食事はベルリンよりは美味しいし、ベルリンにはない
ワインもあります。むしろベルリンのほうが面白い(という人も多い)という気がします。
面白さは人により異なりますが。

往復ともフランクフルトはもったいないと言うかつまらないと思います。

パスはジャーマンレールパスで良いのではないでしょうか。

何処に行くかは、結局何に興味を持つかですが。モーゼルとかトーリアとかも通には受けます。
フライブルクなどは政治家が参考にすべき都市ですし。