Re: 急遽、4月下旬からチェコ・オーストリア・ハンガリーに行こうと考えているものです。

　結構難しい問題ですね。とは言え、出発まで時間が逼迫していますので、出費のかなりの部分を占める(特に個人旅行と団体旅行で大きく差がつく)宿泊費と交通費を中心に、ラフに検討するというのはどうでしょうか。
　宿泊費は、宿のグレードやロケーションによって、高くも安くもなります。交通費は、団体だとバス移動の区間も公共交通機関で移動するため、かなりのコスト差が出ると思います。各人の選択によりますので、必ずいずれか一方が高い(安い)とは断言できません。具体的な料金(概算額)を足し上げて、団体旅行との差を調べてみて下さい。

　宿は、日本人好きのするアメリカンスタイルのホテルはやや高めか、かなり高いかだと思います。ヨーロッパで多く見られる、古い建物で小さく質素な部屋というホテルで良ければ、多少安くなります。ドミトリー形式のホステルだと、かなりの節約になるでしょう。
　宿泊費の高い街に多く泊まれば、その分高くなります。

　ウィーンからプラハやブダペストへの直通列車は、一応それなりの本数はあります。ただ、東京近辺のように30分とか60分毎に特急が出ている訳ではないので、事前に時刻を調べる必要があります。プラハ・ブダペスト間は遠い上に本数も限られます。料金を安く抑える切符の買い方は長い話になるので、ガイドブック等でどうぞ。

　結論を先取りするようですが、もし団体旅行と同クラスのホテルを選ばれた場合、シングルでもダブル以上の部屋でもドラスティックな料金差はないので、一人旅だと個人旅行でもかなり割高になるのではないかと思います。
　後は、お金以外の要素、例えば旅行にストレス解消やリセットを求めているのか、娯楽面を重視するのか、歴史書・写真集・ガイド本等で見た景色を追体験したいのか、といったことも考慮して、団体旅行にするかどうかを決めてはいかがでしょうか。

　楽しいご旅行を。