Re: ザルツ⇒ヴァッハウ渓谷⇒ウィーンへ個人旅行ですが荷物が心配?

　まず、ご質問にお答えしていきます。
　Melk駅にはロッカーがあります。工事中などの非常時を除き、大丈夫でしょう。
http://www.oebb.at/pv/de/Rund_ums_Reisen/Am_Bahnhof/Gepaeckaufbewahrung/Schliessfaecherstandorte.pdf
　船に持ち込めるかどうかは、経験がないので不明です。DDSGでは荷物料金というような設定がなく、terms and conditionsにも特に記載はないようです(ちなみに、自転車や犬は積めると書いてあります。http://www.ddsg-blue-danube.at/english/html/e_lwac_fp.asp)が、ご自身で船会社のサイトでご確認してみて下さい。

　ところで、ご質問の趣旨からはやや外れるのですが、スーツケースを駅に預けたり、船着場まで/から転がして歩くというのは、相当骨の折れる旅になるような気がします。特に、船着場の桟橋までは階段だと思うのですが...
　それを考慮すると、(1)一旦ウィーンまで行って荷物を置いてから改めて周遊チケット(上記DDSGサイト、All-in-one ticket参照)等で戻るか、あるいは(2)荷物を予めSalzburgのホテル→Wienのホテル間で別送して(http://www.austria-connection.at/anto/Gepaeck_P.html)からご計画の通り旅するほうが、かえって効率的かも知れません。但し、(2)の場合、所要日数にご注意の上、当座の身の周りの品だけ手に持っていく必要があります。