南米はYHが一番

どちらにも清潔で安全なYH(ユースホステル)が全土、ほぼ全観光地(ガラパゴスにも)にあるのでお勧めします。個室もあり、ホテルよりはるかに安いです。南米は安ホテルよりYHがいいですよ。
http://www.jyh.or.jp/ で検索、オンライン予約できます。
エクアドルならクエンカが素晴らしいです。