2に追記(Valmiera)

　2に追記です。(これをご覧にならないかも知れませんが...)

　CesisからTartuに行くときに、Valmiera経由という方法もあります。ValmieraはCesisからバス・鉄道で40-50分ほどの町で、ご紹介したRiga-Tartuの朝発のバスも停まります。
　私自身が行ったわけではないので、ガイドブックからの伝聞になりますが、ホテルも数軒あり(Cesisの町に泊まるよりは良いかも知れません)、城跡・教会・塔・地域博物館などささやかながら見所もあるようです。小さい町ですが、駅はバスターミナル(町の中心部に近い)から約700m離れているようです。乗換ならバス-バスが便利でしょうね。

　他の方も書かれていますが、私もこの3ヶ国はじっくり時間をかけて、首都以外も訪れるほうが楽しい旅行になると思います。特に農村部にはそれぞれの国らしい魅力があるので、時間と交通手段さえ確保できれば、是非訪れることをお勧めしたいです(勿論、無理強いはしませんが)。Lonely Planet等詳しめのガイドブックか、インターネットでゆっくりご覧下さると良いかと思います。
　Tallinn, Rigaなどのハンザ都市は歴史的にはドイツ人等の外国人が中心に発展した街ですから、エストニアやラトヴィアらしさという点では今ひとつ精彩を欠くような気がします。また、第2次大戦以降のソ連による「占領」で都市部(特にエストニア・ラトヴィア)の破壊とロシア(人)化が進み、残念ながら都市・民族問題も片付いてはいません。観光する上で支障になるわけではありませんが、旧市街を一歩出るとやはり考えさせられることは多々あります。

　楽しいご旅行になりますよう。