ウィーン空港のほうが便利

　日本から行くなら、ウィーン空港発着にして、鉄道でBrnoとの間を往復するのが、便利で楽だと思います。オーストリア・チェコの国境では特別な手続はありません。バスは使ったことがないのでわかりませんが、(時間が気になる帰路は特に)鉄道のほうが時間は正確でしょう。

　「出入国税」は空港税のことでしょうか?私は普段から気にしたことがないので比較できませんが、交通費と併せても、2万円の差額を逆転するほどのことはないと思います。

　なお、ウィーン空港からBrnoへは直通バスもありますが、プラハ発着の経由便で、1日2-3便しかなく、あまり便利ではありません。ご興味があればウィーン空港(VIE)のHPのアクセス紹介のページからどうぞ(ドイツ語版にはリンクがありますが、英語版にはないですね)。

　それから、オーストリアはじめドイツ語圏では、Brnoを「Brunn」といいますので、駅やバスターミナルでの表示に注意してください。