ご旅行のルートが分かりませんが、

Wihdohoekでレンタカーを借りるならセダンであればいつでも問題ありませんが4WDはいつでもあるとは限りません。ただ乾季であればナミビア内セダンで充分です。Sossuvleiだけ入り口からシャトルバス(軽トラック)が出ているのでそれを利用すればいいです。あるいは徒歩。Etoshaのロッジもしくはキャンプ場は必ず前もって予約です。Sossuvleiのキャンプ場は小さくいつも混んでいますので予約が必要です。その他の宿泊場所は行く先々でその都度探すのは可能ですが、それぞれの距離が結構離れているので、満員だったら次を探すのが少々面倒といえばそうです。それでキャンプセットをもっているとロッジは満員でもキャンプ場は空いているというときに便利ですね。先にも書きましたが、レンタカーは南ア、もしくはボツワナあたりの方から借りるのが安価です。ボツワナのカラハリハイウェーは舗装道路で運転には何も問題もありません。Vic、Chobe方向からNamibia 入りする道もほとんど舗装道路です。
Etoshaからナミブのどの辺まで行かれるのかまた、どこから出発なのかがよく分かりませんが、かなりの距離を走ることになるので内2日ではきついでしょう。でも時間がないなら、ツアーや現地のバスはもっときついでしょう。

ロッジ参考サイトです。
http://www.namibiareservations.com/
http://www.bookeasysa.com/petrified_dune_lodge_lodging_checkintimes-1.html