大きなお世話ではありませんが「大きな誤解」です。飛行機に乗るのは目的じゃないっす。

はい。熟考した結果こういうことになったんです。そうくるだろうと思って一応YYZ経由の理由はそれとなく記したんですけど・・・やっぱダメですね。もう少し詳しく書かないと。
・YYZは始発ではなく世界一周航空券の途中です。
・世界一周航空券の旅程は簡単にかくと
　夏:成田→北米(乗継)→ペルー(旅行・滞在)→北米(stop over扱い)
　冬:北米→チリ・アルゼンチン(旅行・滞在)→欧州(乗継)→成田

・①「夏の帰国時の北米→成田」および②「冬の出発時の成田→北米」はそれぞれAFの特典片道航空券で行きます。
・片道航空券の場合利用航空会社がAF,KL,NWに限られています。
・②の旅程で「なぜAF便:NRT→CDG→YYZか」といえばNW便は都合の良い北米都市行きの特典用座席が無かったからです。
・「なぜ①②をあわせて制約の少ない往復扱いにしなかったのか?」と言えば、①と②の特典の名義がそれぞれが異なり(どちらもワタシのものではなく家族のもの)それぞれが「日本→北米Cクラス・片道」にギリギリの必要マイルしかなかったからです。
・「なぜ世界一周航空券+特典航空券を組み合わせてこんな面倒なことをするか」「なぜ普通に夏:日本ーペルー/冬:日本ーチリの往復航空券を買わないのか?」と言えば、まずさっさと有効期限のあるマイルを有効利用したかったのと「ビジネスクラスの場合」前者の方が明らかに費用が抑えられるからです。かつマイルも沢山たまるからです。

また現地滞在時間について
「仕事を終えたその日の夜にNRT発→CDG→YYZ→ATL→SCL」というルートと「仕事を終えた翌日にNRT発→北米経由→SCL」というルートではSCL到着時刻に差はありません。チリ・アルゼンチン旅行の帰りを欧州経由にしてもやはり現地滞在時間に大きな差はないような旅程を組むことができることを確認しています。

ともあれYYZ-ATL便の選択に関しては参考になる情報をありがとうございました。ATLの乗り継ぎは比較的簡便にできるんですね。