空港内にトランジットホテルがあります。

http://www.airportdesk.nl/airports/afrika/zuid-afrika/johannesburg-international-airport.html
上記ヨハネスブルグ空港のサイトですが、ServivesのところにHotelとあります。そこにTransit hotelの電話番号がわかります。実はヨハネスブルグの空港でこの看板を見て気になっていたのです。私自身使ったことはありませんが、もしかして乗り換えの場合には使えるのかな・・と気になっています。Tryしてみてください。結果も教えていただけるとありがたいです。
また下記ご存知かと思いますが、下記サイト添付します。どこがいいかは私も???です。

http://www.agoda.jp/africa/south_africa/johannesburg_airport.html
http://www.euro-tour.co.jp/octopustravel/johannesburg.html