私もGWに個人手配で乗りました☆

その際の旅スケのコメントをご参考まで → http://tabisuke.arukikata.co.jp/schedule/5323/
(写真は阿里山鉄道です)

阿里山鉄道に乗られるなら午前便に嘉義を出発なさるのがいいと思います。
午後はガスの発生率が高くなるので視界が悪くなる可能性が高いようです。
ですから、前夜最終の新幹線で台北 → 嘉義に移動し、嘉義で一泊なされば、宿予約+鉄道券予約をセットで依頼し易いと思います。
前夜寝るだけなら台北より嘉義の方が宿代も安いですよ。

ご来光ツアーは、阿里山の宿に到着してからでも予約出来ます。
但し拝める確率は高くはないみたいですが・・・。

ツアー代金を日本から送金する手数料の方が阿里山鉄道料金より高い位ですし、キャンセル対象も厳しい内容ではないでしょうか?
宿を通せばカードも使用できますので個人手配はお薦めですよ。