2都市 + シェムリアップ も可能ですよ☆

私はホーチミン、シェムリアップ、バンコクの3国に行きました。

参照:http://tabisuke.arukikata.co.jp/schedule/6552/

かなりゆっくり旅でしたのでこれをスリムにして以下の旅程はいかがでしょう?

〔第1案〕
関空発午前便 → ①ホーチミン2泊 → (1時間)②シェムリアップ 1泊→(1時間)③ハノイ1泊 → 関空(機内泊)

①ホーチミン:1日目午後市内散策　2日目ミトーリバークルーズ(英語ツアー$7)3日目朝便 → シェムリアップへ　午後寺院観光+夕日鑑賞　4日目午後便 → ハノイ　5日目ハロンツアー　深夜ハノイ発6日目帰国

〔第2案〕シェムリアップを目的地(+￥16000)にした航空券利用
ベトナム航空(8日間有効FIX・ストップオーバー1回のみ無料)で関空 → ホーチミン(乗継24時間以内) → シェムリアップ(目的地) → ハノイ(ストップオーバー) → 関空　

1日目=関空11:00 → ホーチミン14:35。午後市内観光
2日目シェムリアップへ=8:25 → 9:45(月水土)or 11:40 → 12:40(毎日)　<注:24時間以内なので途中降機の枠外。
但しミトーツアーの時間無し>　午後寺院観光　夕日鑑賞
3日目 トンレサップ湖クルーズ+寺院鑑賞 　ハノイへ=18:10 → 19:55(これが1番早い便)
4日目 ハロンツアー　
5日目 市内観光　23:30ハノイ発　
6日目 5:35　関空着
　
これは追加料金出してもストップオーバーは2回不可です。
3都市滞在なさるならベトナムまでの往復航空券にシェムリアップを追加(2万位)という事になりますね。

以上ご参考まで