ご参考まで☆

夏の欧州鉄道はそれ程混まないと思いますので現地で購入されてはいかがしょうか?　折角の自由旅行ですから・・・。
旅行社の事前予約はキャンセルに多少制約がありますし。

私は、全行程の乗車ルート・月日・クラス・人数をワード印刷したものを見せて一括購入しています。空港にある鉄道駅は市内より空いているので到着空港で購入するようにしています。
提示するメモを手書きにしないのは、数字の読み間違えを避けるためと月日の記載法の順番が国によって異なるので月をアルファベット記載にして確認するためです。

ご計画のルートを時刻表で調べてみましたが・・・

ボローニャ → ベルンは1時間に1本あるようですね。
http://www.trenitalia.com/home/en/index.htm

一番長距離のストラスブール → ドレスデンは7時間以上かかるのですね。http://www.bahn.de/p/view/index.shtml

この区間だけを空路になさる事も考慮に入れられては如何でしょう?

詳細旅程が解らないので8/13と14で仮に検索しましたところドイツの格安航空会社germanwings で Stuttgart 16:50 → Dresden 17:55(飛行時間:1時間5分) 1名9ユーロというのがありました。

http://www.germanwings.com/

Stuttgart空港は鉄道アクセスがあり Strasburgから近いですし、経由駅 Baden-Baden か Karlsruhe で途中下車し観光する事も可能ですよね。全便9ユーロという訳ではありませんのであくまでも選択肢の1つに加えられてはいかがでしょうか。

以上、ご参考まで