ルート

ヨーロッパとなると無知ですので部分的な回答しかできませんが・・

>料金は１等、２等で区分されているだけで
>特急でも急行でも、同じ料金で乗れるのですか？

スイス国内は
>普通電車というのは、２等の料金ですか？

普通電車にも１等と２等があります。
特急で指定とか特急料金が必要なのは国境を越える特急列車の場合だけではないでしょうか？
私は１等のスイスパスでスイス国内だけ移動しましたが国鉄（SBB)の線路上を走る鉄道では別料金を払っていません。
（例えばイタリアから来たチザルピーノなど）

>モンブランや、マッターホルンもできれば見たい・・・となるとどうすればいいのか？
>その間をどう動けばいいのか？

鉄道旅行のプラニング方法は以下の通りです。（我流ですが多分正解）
(1)地図で観光したいポイントの場所を確認しマーキング
(2)ポイント間の鉄道路線名、鉄道会社名（場合によってはバスなど）を
把握する。
(3)トーマスクックでポイント間の移動時間や列車の利便性を確認する。

これで大体の移動順が決まると思います。
サンモリッツのように観光ポイントが移動する路線上にあれば便利ですが、
ツエルマットみたいに行き止まりになっていると幹線まで引き返さなければなりません。

さらに、複数の経路が選択できる場合
(4)例えば地球の歩き方から出版されている鉄道旅行のガイドブックで良い路線を探す・・。

最初は地名や路線名を覚えるのが大変ですが、若い方は大丈夫ですよ。
地図はカタカナと現地語両方で書かれている物を探されれば便利です。
本当の発音でなくても、声に出して読めない地名は記憶できないですからね。

>始まりの、パリ→モントルー→グリンデルワルト→ルツェルンと、
>終わりの、ティラノ→サンモリッツ→クール→インスブルックでオーストリアへ抜ける部分はほぼ決まりですが、
>モンブランや、マッターホルンもできれば見たい・・・となるとどうすればいいのか？

HISの簡単な地図が参考になります。

http://www.his-j.com/tyo/impresso/europe/che_special.htm

詳しい地図はこちら（ちょっと探して見つけました。すごくいい地図です）

http://myswitzerland.raileurope.com/us/common/rail_map.pdf

モントルー→グリンデルワルト→ルツェルン（みずうみ急行コース）が決まっていると言う事ですので、
モンブラン、マッターホルンは遠ざかっています。

山を中心とするなら上記コースを断念して（勿論時間に余裕があれば問題ないわけです）
モントルーからマルティニ（モンブラン往復）経由、ブリーグへ出てツエルマット往復。
その後、ブリーグへ戻ってシュピーツを経由してインターラーケンと言うコースでしょう・・・
実は、次回スイスに旅行できると仮定した場合の私の希望ルートでもあります。