まだ紙が電子化されただけだからでは?

業界の人間ではないので、推測ですが。

今年の中頃には全てEチケットに移行しますが、これまでの紙の
切符が電子化されるだけなので、やはり発券できる代理店とそう
でない代理店、さらにアクセスできる端末を持つか(契約している
か否か)によって変わるはず。

一般利用者は、WEBもしくは電話予約のEチケットくらいしか思い
浮かばないでしょうが、世の中にはホールセラーしか発券できない
チケットもあります。勿論、ノーマルとか正規割引とかならば、
航空会社と直接やりとりすれば済むのですが。