ソフィアからブタペストへ安全に行くには

　タイトルに直接お答えするなら、空路が一番だと思います。他の方のお答え同様です。MALÉVハンガリー航空の直行便があります。LCCならSkyEuropeでウィーン経由列車です。

　夜行列車の治安についてのご質問であるとするなら、お答えは次の通りです。「ブカレスト経由でもベオグラード経由でも同様に、夜行列車一般に共通する(盗難などの)危険はあるが、それ以上特に危険とは思いません。もし気になるなら、1等車に乗るなどしてリスク軽減(ゼロにはならないでしょうが)を図ってみてはいかがでしょうか。なお、バスでも夜行なら同様に盗難などへの注意が必要だと思います。」
　ただし、ブカレスト、ベオグラードで途中下車するとなると、それらの街での治安は話が別です。私自身は特に危険に直面したことはありませんが、ブダペストなどに比べて、ソフィア・ブカレスト・ベオグラードの中心部(特に駅周辺)では多かれ少なかれ高めの警戒心を持つことにしています(それぞれの街で注意の対象は少しずつ異なりますが)。ソフィアで歩けて、ブカレスト・ベオグラードで歩けないということはないと思います。他の方の意見は異なると思いますので、あくまで参考程度にどうぞ。

　いずれにせよ、どこも「怖い」というような街ではないような気がしますが...