特別なことはない

まず、国内移動ですが、国内移動を上記通りにこなすならば、
(イタリア入国出国以外)空路は却って不便。鉄道の頻度や
アクセスのしやさから言えることです。距離が短いために、
フライトが例えあったとしても、却って時間が掛かります。

敢えて使うとすれば、ナポリとミラノ、ローマとミラノで、
ミラノは市内にあるリナーテだけです。

旅行者であることは、プロの目(この場合は、泥棒さんと
詐欺師と商店で働く人)から見れば、大抵わかります。スー
ツケース云々とは無関係。むしろ、鉄道の移動を繰り返す
のであれば、運ぶのに苦労します。車内はスーツケースを
含め、手元にない荷物に貴重品をいれないことは基本中の
基本。それ以外はあまり気にすることはありません。トイレ
等ですが、ホテルやレストランだけで済ませるようにする。
あとはバールで。駅などは危険なことがあるし、なにより
奇麗ではないので。

ローマはメトロが便利ですが、夜間(夕食後)は安全性、
昼間はスリかっぱらいの類いに注意。詳しい対応法もある
のですが、奥まった場所や、グループによる犯罪に注意。
ナポリのメトロは路線が限られ、地元民の利用が多い。
主要路線はバスでしょう。スリにご注意。ナポリでの注意
は交通事故。

ローマは大抵が観光客ですが、ナポリは特定の場所を除き
地元民が多い。

質問内容からすると、もう少し事前学習が必要(必須)だと
思います。