人にアドバイスできる程知識はありませんが・・・

私も今回初のマレーシア旅行で(ジョホールバルのみ1日だけ観光した事はあるが・・)、マラッカに1泊、KLに2泊で滞在時間も短かったので人にアドバイスできるほどの知識はありません。
ただ、1つ言えるのはバスは席数が決まっているので、行ってからすぐ乗れるとは限りません(他の人の旅行記を見ると3時間くらい待つ事もあります。ただ近くには観光スポットもあるので多少の待ち時間はつぶせるとは思います。)。
短い時間を有効に利用しようと思ったら、(KLへの到着時間がわからないので可能であるかはわかりませんが)前日にバスのチケットを買っておく方がいいかと思います(往復分)。
ホテルは決まっていないようでしたら、プデュラヤバスターミナルの近くにホテルを取ると便利かもしれません。
あと、必ず入場したい場所があれば、営業時間を事前に確認しておきましょう。昼休みや金曜日に入場できない施設は多々あります。