Budapest-Bratislava

　私も他の方と同様、利便性ならウィーン経由だと思います。Wien-Bratislavaは鉄道(日中約1時間毎)・バスとも本数が多く、Ljubljana-Wienの昼の列車もいくつかある(乗継便を含む)からです。バスの乗継はあまり便が良くないです。
　ところで、ブダペストoutなのでしたら、いったんLjubljanaからBudapestに行き、Budapestを拠点にしてBratislavaまで往復されるという方法もあります。トータルでは時間がかかりますが、荷物なしで身軽に行けるのがメリットです。日帰りも可能です。また、ブラチスラヴァ以外のスロヴァキアに寄る気になった場合でも、楽です。
　鉄道の本数も比較的多く(乗継便を含め、日中なら1-3時間に1本はあります)、所要2時間42分から3時間30分程度、運賃も協定のおかげで安いです。切符は往復で買うとよいです。
　ただ、ブダペストの発着駅は便により異なります。直通ECでなくローカル便乗継だと、ブラチスラヴァも本駅(Hlavna stanica)のほかにPetrzalka駅・Nove mesto駅発着の場合があります。注意してください。