ちょっと規定どおりのお答えですが・・・・

運行休止区間の予約は完了(空席待ちではなく予約完了=座席確保済み)だったでしょうか?　予約完了でないと航空会社からの案内、連絡はありません。また航空機はチェックインが完了して初めて旅客との運送契約が発効するので、時刻変更や運休等が発生します。これは航空会社発行の時刻表によく記載されている「予告無く変更する場合があります」にあらわされています。
MDさんがもし予約なし(オープンチケット)をお持ちでしたら、片道分の払い戻しのみで、往復割引などでしたら往路をノーマルで利用したことにした差額のみの返金になります。ただ払い戻し手数料などは免除してくれるかもしれません。(運休の場合、普通は同区間を運行する他社便に振り替えてくれることがあるのですが)
路線運休のみならず航空会社も撤収してしまった場合は事務所が東京に無ければ面倒なことになりますので手続きはお早めに。