モラル的にも制度的にも問題なのです

まず、航空会社は客が二重予約をした場合、両方とも取り消す
権限があります。料金云々ではなく、逆に料金を払えば、二席
を認めるでしょう(隣を空けたいとか、二席分使いたい客は居
る訳ですし)。金を払わねば予約もできない制度になっていれ
ば話は別ですが、現状では予約だけが可能なのです。実際に、
便さえ異なれば、複数入れることは可能です(国内線では、
これを認めない方向になっています)。国内情勢(日本では
なく)が悪化したり、暴動や政変で、現地在住者がいつでも
逃げられるように、近隣諸国への便に毎日予約を入れることは
今でもあります。例として、インドネシアのスハルト政権崩壊
の際のシンガポール便。

絶対二枚買うわけない客が、直前まで予約を埋めていれば、
当然、一人が溢れるわけで、誰しもある程度前に予約が取れな
ければ、その便を諦めるか、移動自体を諦めますよね。これは、
航空会社にとっても損失だし、客にも迷惑が掛かります。
モラルと言っても良いでしょう。さらに、代理店の少なくとも
一方は、徒労に終わる訳で、結果的に損をさせています。

他もかたも書いていますが、予約と契約とは別物です。契約以前
なので、規約云々は意味のなしません。