詳しくはないですが、お返事がないようなので

①は、クロムウェルかクイーンズタウンで一泊して、翌日のバスでワナカへ向かうしかないのではないでしょうか。
クロムウェル-ワナカ間はバスで40分程なので一泊するのはもったいない気がしますけど、タクシーも期待できないですし。
ワカナの宿にクロムウェル-ワカナ間の交通手段についていい方法はないか伺ってはどうですか?

③は、チケットの種類によると思います。定価(と言うのかな?)に近いチケットなら少々の手数料で変更や払い戻しできるでしょうが、大幅割引したチケットは変更や払い戻しできない場合が多いですね。
搭乗される航空会社のHPで確認されましたか?