推測ですが

想像で書いては申し訳無いのですが。
ANAの方の予約リストにはウィーンから搭乗する事になっています。当然、荷物もウィーンからですよね。でも思うにはANAもオーストリア航空も同じグループの筈ですからウィーンで搭乗する時に言えば荷物はスルー出来ると思います。ただ座席は空港内の乗り継ぎカウンターに行かなければいけないかも知れませんね。