今後のために

酷い話ですね。
皆さんの意見を参考に、BOOKIG.COMに電話をかけてみるなど、
できる限りの手は打ってみてもよいと思います。

領収証は、どのようになっていますか?
現金分とクレジットカード分が、分かれていますでしょうか。
予約時のトータル金額より、領収証の金額が課金分だけ多くなっていること、
そしてそれが予約時の条件と違うことが証明できるようであれば、カード会社に申し出ることもできるのでは?
まだクレジット・カードの支払いが済んでいないのですよね。
カードの請求が来たら、カード会社に電話して、課金分だけ差し引いて支払いができないものか、
相談してみてはいかがでしょうか。

今後のために、トラブルは現地で処理というのが一番だと思いますが、
早朝のチェックアウトのときは、前夜のうちに支払いを済ませるというのも、
トラブル回避の一つの方法かと思います。

早朝だと、ホテルの夜勤の人が対応することになり、よく事情がわかっていないこともあるかと。
(この場合は、めちゃくちゃなことを言っていますね)
もし、法外なことを請求されても、時間に余裕があれば納得できるまで交渉できますし。

ともかく、今からでも打てる手は打って、少しでも納得できる解決ができるといいですね。