おそらくBOOKING.COMにはあまり期待できないと思います。

この場合、BOOKING.COMにはあまり期待出来ないと思います。例えば、アメリカであれば、Third PartyのWebを利用してホテルを利用しようとすると、その多くが100%の料金をそのWebで支払います。しかしながら、ヨーロッパのホテルを予約する場合、Third PartyのWeb、ここではBOOKING.COMに20%を支払うのみで、その残りの支払いはホテルをチェックアウトする際に支払います。BOOKING.COMは宿泊するという連絡とキャンセルの連絡をする仲介者であり、チェックアウト当日の支払金額については関与してくれないのではないかと思います。
確かにクレジットカードで支払いをするとRetailerはクレジットカード会社に手数料を支払わなくてはいけませんが、それは普通支払い金額の、5%前後ですので、1泊30ユーロの+は法外な金額かと思います。
飛行機の出発時間もあり焦られていたと言うこともありますが、その場で交渉出来なければ返金は難しいかもしれません。