本籍は関係ありません。申請窓口は現住所で決まっていますよ。

どこの国でも申請窓口は現住所に近い大使館/総領事館です。

本籍は全く関係ありません。それ言ったら、外国人の本籍ってドコですか?
例えば在印日本大使館/総領事館でも、インド人の現住所によって
デリー、コルカタ、ムンバイ、チェンナイのドコへ査証申請するかが決まってきます。
それを”出生地”に近いトコへ、なんて言ったら
それこそ東京ー大阪どころの話じゃありませんよ。
レーに住んでる人に、チェンナイへ池とか(笑)

現住所が愛知以東は東京、三重以西は大阪で申請してください。