おっしゃるとおりです

成田→フランクフルト→ヴェニス,ローマ→フランクフルト→成田でチケットを購入されることになんの問題もありません。ヴェニス→ローマは,鉄道やバスで自力移動するんですよね。
　ただ,このときご自分でも書かれていますが,旅程変更でフランクフルトまで自力移動してしまってローマ→フランクフルトに乗らないと,フランクフルト→成田も無効になってしまいます。そのような危険性があるときは,別々にチケットを購入した方がよいです。

　ちなみに日本国内でも,地方→羽田(自力移動)成田→ローマのチケットでは,地方→羽田に乗らないと成田→ローマにも乗ることが出来ないとJ○Lで言われたことがあります。