ボローニャ→バーリですか?

いずれにしても、先に紹介したTrenitaliaのサイトで
列車と時刻を調べられますので、チェックしてみてください。

それから、パスを使用される場合ですが、クシェットや寝台などの
(座席)指定がいるものは、駅の窓口で指定し、差額を払います。
イタリアの大きな街の駅の窓口は混んでいることが多いので、
できれば前日までに済ませておくといいです。

夜行については、一般的なルールですが、例えば夜7時以降の乗車なら
次の日にまたいでの使用が可、となります。
(イタリアパスの場合の確認はしていませんので、ご購入の際に
代理店などで確かめてください)