Re: クスコ～プーノ、プーノ～ラ・パスのツアーバスについてなど

バスは何社か運行しています。
バスターミナルへ行って、希望のものがあるか探すことになるでしょう。あるいは現地の旅行代理店で尋ねるとか。
クスコのバスターミナルの様子です。↓旅行会社の窓口が何十社も並んでいて、各社窓口に行先や時間が出ています。
http://www.geocities.jp/nya28a/cuzcobus.html

現地の小さい会社が運行しているのでインターネットで探すのは難しいと思います。

ペルーレイルから返事がないのは、私の感覚では、担当者にうまく届いてないか何らかの問題(たとえば満席とか、メールアドレスの入力ミスとか)があるものと思われます。
「CONTACT US」のページから問い合わせてみて、返事がなければ現地で購入されたらどうでしょう。9月下旬なら可能なように思います。