スイスの件は知りませんがフランスでは結構大きなニュースになりました

乗り入れ禁止になったのは本当です。フランスの場合、確かバカンスの時期で、乗れなかったお客さんがかなりいて、急遽乗客をパリから当時乗り入れ許可のあるブリュッセルに輸送してトルコに送り出しているのをニュースで見ました。(元来、スイスは乗り入れの基準が厳しいらしいです)
オヌルはヨーロッパ(欧州ートルコ)ではチャーター便として考えられています。フランスでは特にエジプトでのチャーター便の墜落事故から(乗客全員死亡)、チャーター便会社への規則が厳しくなったと思います。
ただオヌルがなぜ乗り入れ禁止になったのかは知りません。この会社はまだ大きな事故を起こしたことがないらしいので。。。
自分も去年乗りましたが、席が非常に狭くて、飛行時間1時間なのに疲れた覚えがあります。
ちなみにアトラスジェットは知りません。トルコ人の話ではトルコ航空が一番ましらしいと聞きました。(ちなみにフランスのある雑誌では安全性に関してはそれでもワースト50に入っていましたけれど)ただトルコ航空に乗った事あるヨーロッパ人の間では結構トルコ航空評判良いです。