こんな感じです

ザグレブ<>プリトヴィツェは問題ありません。
距離的にも150キロ程度なので、東京の感覚ですと、箱根・日光日帰りです。
ポストイナ・リュブリャナはザグレブをキーにするのは少し厳しいです。
距離的にはそうでもないですが、国境越えが入るので、本数が絶対的に少ないのと、時間を1時間程度多めに見る必要があると思います。
ムリのない日程、ということでしたら、リュブリャナでステイしたほうがよいでしょう。

ただ、シーズンにもよりますが、現地発ツアーは出ている可能性もあります。
ホテルが決まっているようでしたら、ホテルに問い合わせるのがよいでしょう。

また、In/Outの場所がわかれば、もっと別のルーティングが可能かもしれません。

(参考:現地の大手旅行会社=ATLAS http://www.atlas-croatia.com)