道中のみどころの問題では?

ヨルダン側にはペトラやワディラムがあり、イスラエル側のネゲブ沙漠にはそれほど見るところがないことから、効率良く回るにはヨルダン側を通る人が多いってことでしょう。
エルサレム～エイラット間はほとんど沙漠のなかで、パレスチナ自治区の近くを通りません。エルサレム新市街>旧市街周辺の方がよっぽどリスクは高いと思います。
お気をつけて。