そんなに心配することはありません。

大丈夫ですよ。スリ、置き引き、引ったくり(少ない)に注意すれば、まず問題は起きません。ドイツで個人旅行できなければ世界のどこへも行けません。宿で一番怖いのは部屋への侵入ですが、YHやB&Bは防音がイマイチなので逆に安心です。
YHより安いB&BはYHと違ってぼろいのは覚悟してください。