当日プラハ泊が普通でしょうがブティヨヴィッツェ泊も考えてもいいでしょう

プラハもそうですが夏のチェスキークルムロフは観光客だらけで、興趣はさほど感じられません。
この町の宿が23時過ぎの到着を歓迎するとは思えません。

チェスケーブディヨヴィッツェまででしたら列車の本数が多く、旧市街の広場周辺はシックで落ち着いた感じです。1時間前の18時台の列車に乗車してこの町の宿に泊まるのもありかと思います。
いずれにしろ、南部ボヘミア地方まで足を伸ばすのであれば、予約時にご自分の到着予定時間を連絡しましょう。