国際線の都市間を結ぶ寝台車は比較的安全だと思いますよ。

一般的な治安ですが、田舎は安全でした。都市は注意が必要です。特に駅周辺など。しかし、貧しい人はいたる地域にいるので、どこででもすりや物乞いにあう可能性があります。ルーマニアではブカレスト、黒海沿岸リゾート地(すりが出稼ぎに来る)、モルドヴァ地域が他地域より危険度が高いそうです。おどおどせず毅然とした態度でいればいいと思いますよ。オートストップも現地の人は大丈夫でも、外人はカモにされる可能性もあるし、どうしても動けなくなった場合の最終手段として使えるかなといった程度です。女性はやはり控えたほうがいいですね。って私も女ですが。

都市間の寝台列車は多分大丈夫だと思います。すりは高いICに乗るお金がないからです。貴重品はジッパーつきのポケットなどに入れて、必ず身につけておくといいと思います。
私は夜行列車にルーマニアで2回乗りました。どちらもセカンドクラスの普通席で。4席分に横になるとちょうど寝台車みたいな感じで楽でした。しかし鍵がないです。列車によってはカーテンがないものもあり、その場合中が丸見えでした。ルーマニア人に「鍵をかけたいし安全なほうがいいから、1等の寝台車がいい!」というと、「寝台車も鍵がかけられないし、1等も2等も安全面では一緒だよ。どういう人が一緒に乗るかによるから」と言われたのですが、真相はわかりません。寝台にも1等車にも乗ってないので。多分大学生くらいの人が声をかけてくれたりすると思うので、仲良くなっておくといいですよ(怪しいやつは除く)。あるいは同じ旅行者や家族連れやおばさんなどと。一人ぼっちは狙われやすいので。
ちなみにルーマニアの田舎を走る列車の窓から見る風景はすごくいいですよ。バスだとさらに村の中を入るのでもっと良いです。ルーマニアはブカレストよりも別の場所に行くことを強くおすすめします!

>ドイツ語少しと、それよりましな英語しか話せないので

ほとんどの人がルーマニア語しか話せないけど大丈夫。ボディランゲッジとガイド本のルーマニア語でなんとかしのげます。イタリア語などできると数字などわかりやすいです。
ブルガリアは電車やバスの行先がキリル文字なのでわかりにくいです。文字だけでもわかると旅が楽になります。ブルガリアに入ったら本を見て覚えるといいですよ。
ハンガリーのマジャールも難しい言葉ですよね。英語を喋る人はぼちぼちいるので、まぁ困らないと思います。
オーストリアは英語が通じます。ドイツ語もできるとなると全く問題ないでしょうね。
ギリシャはまだ行ってないのでわからないです。帰ってきたらいろいろ教えて下さい。暇ができたら行ってみたいです。