バイエルンの世界遺産のある都市のYHがおすすめ。

バイエルン州のYHのHPです。
http://www.jugendherberge.de/de/jugendherbergen/suche/lvbkarte/index.jsp?ID=2

ヴュルツブルクのYHはマリエンベルクの下にあり外見は城みたいですし、町の中心の市庁舎までも徒歩で7～8分ほどです。
また、ニュールンベルクのYHも古城です。
(ここからはWeißenburg i. Bayもミュンヘンからより近いです。)
ミュンヘンの郊外のYHも古城のがあります。

バンベルクのYH
http://www.jugendherberge.de/jh/bamberg/

また、ヴィース教会でしたらオーバーアマガオのYHがお薦めで、そこからは、写真のところの観光も可能です。
http://www.jugendherberge.de/jh/bayern/oberammergau/freizeit/01542.shtml.de

ドイツのYHは学生ばかりでなく、中年やお年寄りも利用します。
清潔で環境は決して悪くないと思います。

世界遺産の多くが交通の不便なところにあります。また、その近くにはその世界遺産に劣らないほどよい見所があったりしますので、ただ、世界遺産だけを点と線で繋ぐのではなく、その近くの見所も考慮すると、もっと価値のある旅行ができると思います。

たとえば、ミュンヘンには世界遺産はありませんが、聖母教会やアルテピナコテーク、ケーニッヒプラッツ、ニンフェンブルクなど1日では見られぬ程多くの物があります。
バイエルン州にある城
http://www.schloesser.bayern.de/
バイエルン州の有名な大聖堂、教会、修道院
http://www.spidertrip.de/id-kateg_kirchen.htm?pg=0