不透明な部分

特別燃料費は運賃に上乗せできないための苦肉の策です。
本来はエアラインが徴収すべきところを、代理店にさせています。
大抵は、航空券を購入した時点で特別燃料費等は決まりますが、なか
には追加徴収をするところもあり得ます。運賃と異なり額を含めて
決まりがないからです。この場合、代理店側がかぶる場合もあります
が、代理店の儲けは数千円程度のことも多く、そのようなことをして
いると経営が成り立ちません。仕方なく、追加徴収を決めたのかも知
れません。

もうひとつ考えられるのは、また多分その可能性が高いのが、客から
徴収する時期と、航空会社またはその間にあるホールセラーに払う時期
との間の時差です。まだ、客から徴収した金が代理店の金庫(口座)に
眠っている間に値上げが決まってしまった。その差を肩代わりすると利益
はおろか、赤字になるからでしょう。

相手を信用できるのなら(代理店が損をするのであれば)、払うしかない
と思います。お互い様ですので。