追加です

投稿してから、もうちょっと調べてみました。私事になりますが、8月末から9月にかけて約4週間の旅行を計画しており、ポーランド(ポズナンとヴロツワフですが)にも5泊、チェコにも9泊を予定しています。Lonely PlanetのPolandとCzechを持っているので、それもみながらわかる範囲でお答えさせていただきます。

まずチェコ・LPによると、列車のチケット購入は出発直前まで、予約は1時間前までのようです。プラハ-クラクフ間は8時7分、10時7分、14時7分とありますよね(乗り換えなしは14時7分発)。どれにお乗りになるかわからないのですが、当日、駅の窓口か市内の旅行社(これはたいてい9時からあいてるようです)予約でも大丈夫なのでは・・・。もし2等がとれなければ、ECの部分だけでも1等にすれば予約できるような気がします。

あとプラハに21時着というのは空港にということですか?もしそうなら空港内にも旅行社はあります。

http://www.prg.aero/en/site/klient/sluzby_kontakty/cestovni_kancelare.htm

これが空港HPの該当部分。でも何時までの営業なのか書いてないんです。Cedokが良いのでしょうが、CedokのHPでは調べられませんでした。でもStudent Agencyという旅行社(自分がプラハからカルロヴィ・ヴァリ、あとブルノへ行くのにバスを調べていた関係で)の営業所はTerminal-1でノンストップの営業のようです。果たしてこういう営業所で列車のチケット購入・予約ができるのかわかりませんが、試してみてもよいのでは。

いずれにせよ、自分ならオンライン予約はしません。前の投稿のあと、チェコ国鉄のHPでちょっと試してみたのですが、これって結局はチェコ語のみなんでは??

うまく方法があるといいですね。